【视频】KMEANS均值聚类和层次聚类：R语言分析生活幸福指数可视化|数据分享（上）：/article/1491650
欧氏距离
我们将使用欧几里得距离找到彼此最相似的国家，并将它们分组在一起。
aply(z,2,mean) # 计算列的平均值 aply(z,2,sd) # 计算列的标准差 scale(z,ceter=means,scae=sds) # 标准化 # 计算距离矩阵 dsae = dit(nor) # 计算欧几里得的距离
欧几里得距离矩阵为：
- 似乎国家2（新加坡）和国家22（阿富汗）彼此最不相似。
- 15国（中国）和11国（越南）彼此最相似。
我们如何选择最佳聚类数？
肘法
for (i in 2:20) ws<- sum(kmens(nr, cetrs=i)$wthns)
我们的目标是减少聚类内部的变异性，以便将相似的对象分组在一起，并增加聚类之间的变异性，以使相异的对象相距甚远。WSS（在组平方和内），它在聚类变化内进行度量，
在WSS图中，聚类数位于x轴上，而WSS位于y轴上。高的WSS值意味着聚类中的变化很大，反之亦然。我们看到，在1、2和3个聚类之后，WSS的下降很大。但是，在4个聚类之后，WSS的下降很小。因此，聚类的最佳数目为k = 4（曲线的弯头）。
K均值聚类
k均值算法如下所示：
- 为每个观测值随机分配一个从1到K的数字，这些数字用作观测值的初始聚类分配。
- 迭代直到聚类分配停止更改：
（a）对于K个聚类中的每一个，计算聚类质心。
（b）将每个观测值分配给质心最接近的聚类（使用欧几里得距离定义）。
聚类成员和结果
k均值聚类的结果是：
#聚类成员 asa$Cuter <- c$luser
聚类图在散点图中绘制k均值聚类和前两个主成分（维度1和2）。
clstr(lstdaa = nr, cluter = cluser,col=ola), theme = hme_lsic()) + title("K-Means聚类图")
- 聚类之间没有重叠。
- 聚类2与其他聚类之间存在很多分隔。
- 聚类1、3和4之间的间隔较小。
- 前两个组成部分解释了点变异的70％。
- 聚类1有2个国家，其聚类平方和之内很小（在聚类变异性内）。
- 聚类2有1个国家。
- 具有14个国家/地区的第3组在类内变异性中最高。
- 聚类4有5个国家，在聚类变异性中排名第二。
- 聚类平方和与平方和之比为61.6％，非常合适。
这四个聚类的标准平均值是：
long <- melt(t(agreate(nor, ) plot(long,roup = cluster)+point(se=3)
自由选择生活，社会支持和阶梯得分之间的差异很大。这些变量似乎对聚类形成贡献最大。
回想一下，聚类成员资格为：
第1类：印度尼西亚，缅甸
第2类：阿富汗
第3类：菲律宾，泰国，巴基斯坦，蒙古，马来西亚，越南，马尔代夫，尼泊尔，中国，老挝，柬埔寨，孟加拉国，斯里兰卡，印度
第4类：中国台湾地区，新加坡，韩国，日本，中国香港特别行政区
相对于其他聚类：
聚类1的特点是
- 很高：慷慨
- 高：自由选择生活
- 一般：人均GDP，对腐败的看法，慷慨，健康的期望寿命，社会支持，阶梯得分
聚类2的特点是
- 高：对腐败的看法
- 低：人均国内生产总值，慷慨
- 非常低：自由选择生活，健康的期望寿命，社会支持，阶梯得分
聚类3的特点是
- 高：自由选择生活
- 一般：人均GDP，对腐败的看法，慷慨，健康的期望寿命，社会支持，阶梯得分
聚类4的特点是
- 很高：人均GDP，期望寿命健康
- 高：社会支持，阶梯得分
- 一般：自由选择生活
- 低：慷慨
- 极低：对腐败的看法
轮廓图
我们使用轮廓图来查看每个国家在其聚类中的状况。轮廓宽度衡量一个聚类中每个观测值相对于其他聚类的接近程度。较高的轮廓宽度表示该观测值很好地聚类，而接近0的值表示该观测值在两个聚类之间匹配，而负值表示该观测值在错误的聚类中。
plt(soette((cluser), diace), mn = "轮廓系数图")
- 大多数国家似乎都非常好。
- 第3组中的国家4（泰国）和第4组中的国家5（韩国）的轮廓宽度非常低。
层次聚类
分层聚类将组映射到称为树状图的层次结构中。分层聚类算法如下所示：
- 从n个观察值和所有成对不相似性的度量（例如欧几里得距离）开始。将每个观察值视为自己的聚类。
（a）检查i个聚类之间所有成对的聚类间差异，并找出最相似的一对聚类。加入这两个聚类。这两个簇之间的差异表明它们在树状图中的高度。
（b）计算其余聚类之间的新的成对聚类间差异。对于分层聚类，我们在聚类之间使用距离函数，称为链接函数。不同类型的链接：
- 完全（最大聚类间差异）：计算聚类1中的观测值与聚类2中的观测值之间的所有成对差异，并记录这些差异中最大的一个。
plt(aslus.c,laes=国家名称,min='全链接 k=4', hang=-1) rct.clut(whasi.hclusc, k=4)
- 平均值（均值聚类间差异）：计算聚类1中的观测值与聚类2中的观测值之间的所有成对差异，并记录这些差异的平均值。
全链接
下面的树状图显示了使用全链接的聚类层次结构。
custr(ist(dta = or, cuse = mer.a), ghe = teelsic)) + title("全链接 lusterPlot")
- 聚类1有16个国家。
- 聚类2有2个国家。
- 聚类3有3个国家。
- 聚类4有1个国家。
- 聚类4和其他聚类之间有很多间隔。
- 聚类1、2和3之间的间隔较小。
- 聚类1中的变异性似乎很大。
轮廓图
plot(sloett(curee(asiahluc, 4), di), col min = "全链接 轮廓系数图")
大多数国家似乎都非常好。
- 16国（老挝）似乎是第1组的异常值。
- 21国（印度）似乎是第3组的异常值。
平均链接
下面的树状图显示了使用平均链接的聚类层次。
plt(s.hut.,abls=国家名称,min='平均链接 k=4', hag=-1) rec(hsth_asa.lus.a, k= boder)
- 聚类1有4个国家。
- 聚类2有1个国家。
- 聚类3有16个国家。
- 聚类4有1个国家。
- 使用平均链接的聚类之间的变异性似乎大于全链接的变异性。
custr(ist(dta = or, cuse = mer.a), ghe = teelsic)) + title("平均链接 lusterPlot")
轮廓图
plt(sltte(ctee(sia.lust, 4), istce), cl=cl\[:5\], min = "平均链接 轮廓系数图")
- 大多数国家似乎都非常好。
- 第1组中的8地区（香港）的轮廓宽度非常小。
讨论
k均值，全链接和平均链接的平均轮廓宽度分别为0.26、0.23和0.27。在全链接中，聚类之间的距离小于k均值和平均链接之间的距离，并且两个国家不太适合它们的聚类。因此，k均值和平均链接方法似乎比全链接具有更好的拟合度。比较k均值，全链接和平均链接，所有方法都与阿富汗匹配，成为其自己的聚类。但是，每种方法的聚类成员资格有所不同。例如，在k均值和全链接中，印度尼西亚和缅甸与大多数南亚和东南亚国家不在同一聚类中，而印度尼西亚和缅甸与在平均链接中的国家在同一聚类中。
K-means和分层聚类都产生了相当好的聚类结果。在使用大型数据集和解释聚类结果时，K-means有一个优势。K-means的缺点是它需要在开始时指定数字数据和聚类的数量。另外，由于初始聚类分配在开始时是随机的，当你再次运行该算法时，聚类结果是不同的。另一方面，分层聚类对数字和分类数据都有效，不需要先指定聚类的数量，而且每次运行算法都会得到相同的结果。它还能产生树状图，这对帮助你理解数据的结构和挑选聚类的数量很有用。然而，一些缺点是，对于大数据来说，它没有k-means那么有效，而且从树状图中确定聚类的数量变得很困难。
